EBM的观点很简单：临床决策应当是基于最大可能的科学的证据而作出的。这些证据应当经过审慎的评价（系统评价、生物统计方式的评价）。对临床实践的结果也应当进行评价。它强调：医生（即使是专家）的个人偏好及其权威并不能证明其对某个病例的临床治疗方案一定是合理的。EBM的中心理念是用最大限度地利用科学的证据去指导临床实践，减少医疗实践中的不确定性。因为最科学的证据可以以系统的和具有预见性的方式指导临床实践。EBM也预示着一种潜在的价值观和信仰。它的理论预设完美地反映在自然科学之中——存在一个客观的、与我们的感知相分离的外部世界；这个世界是逻辑理性的；这个世界是可以被逐步分析的；这个世界可以用数学来描述。EBM的方法学无疑借用了这样的预设：疾病是可被研究的客观实体；能够被还原到独特的临床问题；能够在实验室里加以检测。
EBM至少在两个方面受到了批评：过度的“民主”和相当的“专制”。
在系统检验中，所有零散的证据都被看成是平等的，具有同样价值的。
系统检验是靠学术中心和专业统计学者完成的，以往临床上的定性评价为医生关于医疗实践的质量、相对性、以及有效性留有讨论空间，但在循证医学中，这一切统统让位于“证据”，一切都处于生物统计学的“专制”之下。
不过，在评价上，循证医学并不是在所有领域都畅通无阻。如对病程波动较大的慢性疾病（如多发硬化症）以及需要与病人密切接触的疾病（如康复治疗、临终关怀）的干预，就不那么容易通过试验而得到评价了。
在面对补充医学和替代医学时，循证医学也受到了挑战。按照循证医学的观点，补充医学和替代医学都是非科学的。但即使在现代医疗技术的巨大科学力量中，替代医学仍然繁荣昌盛。美国进行一项对有关补充医学和替代医学的25项调查结果评估表明：43％的医生让其患者做针灸治疗，40％的医生让其患者做脊椎按摩治疗。在不许医生使患者求助于替代医学的香港，患者自发地用传统中医治疗的比率从36％到55％不等。事实上替代医学中的真理是“经验上的”。尽管为了其科学性，EBM在临床实践中排斥安慰剂作用和主观感知，而热烈拥抱安慰作用和主观感知的替代医学却更接近患者。疾病和病痛永远是非常个体化的情感的体验。患者可能被证据语言的理性说服，但他情感上的东西并未被治愈，而且可能比理性的医生们所能想象的更顽强。当患者无法在其疾病体验与医学的科学性之间找到一条通路时，患者必然趋向于另辟蹊径寻找满意的答案，而并不在乎这种答案是否是“科学的”。于是，循证医学所面临的悖论之一是：EBM的传道者打赢了这场圣战，但可能却因此而失去了患者。
医学是解决人的健康问题的科学。医学的性质告诉我们，医学中的“医道”和“人道”是永远不可或缺的两个要素。以证据为基础的医学可以使充满或然性的医学科学向着相对确定性前进，这无疑是科学进步的标志，也是医学科学发展的必然。不过，“良好愿望的医学”不仅是医学产生的根源，也是医学的生命力所在。“治愈”（cure）和关怀（care）不仅在过去、现在，就是在将来也将永远是医学的目的之一。人们不会希望医学成为只关注出自实验室的冷冰冰的作为证据的那些数据——理化指标偏离正常的程度、形态学异常改变的数据——而忽视有心理感受和主观体验的“病人”。在我看来，在现代医学时代中发展的EBM应该使“良好愿望的医学”成为其补充物，而不仅仅使自己成为它的替代物。
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